USTC-Software #

Prot-DAP,an integrated platform for all steps of protein sequence design #

To address the challenges such as cumbersome platform switches and interactive difficulties encountered in the protein sequence design, we have developed Prot-DAP, an integrated protein sequence design assistance platform. It incorporates commonly used protein sequence design tools, allowing users to import sequences of interest from Uniprot, filter homologous proteins for multiple sequence alignment (MSA), score mutations at specific sites using predictive models, and proceed to downstream codon optimization and primer design, providing a comprehensive design pipeline. We believe that this platform can enhance the efficiency of design personnel and contribute to teaching in relevant academic disciplines.

タンパク質配列設計において遭遇する問題点、例えば、扱いにくいプラットフォームの切り替えや相互作用の困難さなどに対処するために、私たちはProt-DAP、統合タンパク質配列設計補助プラットフォームを開発しました。このプラットフォームには、一般的に使用されるタンパク質配列設計ツールが統合されています。これにより、ユーザーはUniprotから関心のある配列をインポートし、同源性のあるタンパク質を複数配列アラインメント（MSA）のためにフィルタリングし、特定の箇所での突然変異を予測モデルを使用して評価し、ダウンストリームコドンの最適化およびプライマーデザインに進むことができます。従って、一貫した設計パイプラインが提供されます。このプラットフォームが、設計業務の効率性を向上させ、関連する学術分野の教育に貢献できると確信しています。

reference:

• iGEM USTC-Software Team Information
• iGEM USTC-Software Wiki