UOregon #

HGT: Hostile Gene Transfer #

We are developing an E. coli Nissile 1917 (EcN) based therapeutic to selectively target and destroy GI tract pathogens. It is a precise, modular, alternative to small-molecule antibiotics. Our first target is Helicobacter pylori, a stomach pathogen infecting more than 50% of humans. We bind to surface proteins present on our target and conjugate a malicious DNA payload into our target cell. We’ve engineered our strain to survive in the stomach by upregulating the glutamate-dependent acid resistance using GadE (BBa_K1639002). We are also expressing a biofilm with functionalized curli monomers to further enhance acid fitness. Conjugation occurs using a modified RP4 “helper” plasmid that doesn’t transmit itself, allowing us to safely transfer a separate plasmid coding for our payload without transmitting conjugation machinery. Our team also developed EZBinder, a one-click binder design software that creates high-quality protein-protein binders without requiring previous experience with computer science or protein design.

私たちはE. coli Nissile 1917 (EcN)をベースにした治療薬を開発しており、選択的にGIトラクト病原体を標的にして破壊します。これは、小分子抗生物質に対する精密でモジュラーな代替品です。最初の標的はHelicobacter pyloriで、これは人間の50％以上を感染させる胃病原体です。私たちは標的上に存在する表面タンパク質に結合し、私たちの標的細胞に有害なDNA貨物を結合します。我々は、GadE (BBa_K1639002)を使用してグルタミン酸依存性酸耐性を上昇させることにより、当我々の株を胃内で生存できるように調整しています。また、酸適応能をさらに強化するために、機能化されたcurliモノマーを持つバイオフィルムを発現させています。収縮は自己を伝達しない修正RP4 “helper"プラスミドを使用して行われます。これにより、収縮マシナリーを伝達せずに私たちのペイロードのための別のプラスミドコードを安全に伝達することが可能となります。私たちはまたEZBinderというワンクリックバインダーデザインソフトウェアを開発しました。これは、コンピュータサイエンスやタンパク質設計の経験がなくても高品質なタンパク質-タンパク質結合体を作成します。

reference:

• iGEM UOregon Team Information
• iGEM UOregon Wiki