NTU-Singapore #

Prime editing optimization and expression in stem cells, bacteria and yeast #

Prime editing is a recently developed versatile genome editing technology that offers high efficiency, versatility, and specificity. Unlike traditional methods, it enables precise alterations to genomic DNA without the need for DNA double-strand breaks. Despite numerous optimizations, MMLV RT remains a commonly used reverse transcriptase in prime editing (PE), yet it still exhibits certain limitations that may impede PE efficiency. To address this issue, the NTU-Singapore team identified and developed PFV RT as a viable alternative to MMLV. We rigorously assessed the performance of the prime editor containing PFV RT at various endogenous and therapeutic sites, as well as in a TLR reporter system custom-designed by our team. Beyond standard cell lines, successful transfections were achieved in H9 and ACS1030 stem cell lines. Additionally, attempts were made to express the prime editor in alternative hosts such as bacteria and yeast, expanding its potential applications.

プライム編集は、高効率、多機能性、特異性を兼ね備えた最近開発された多目的ゲノム編集技術です。従来の方法とは異なり、DNA二重鎖の切断の必要なく、ゲノムDNAに対する正確な変更を可能にします。多くの最適化が行われているにも関わらず、MMLV RTはプライム編集（PE）において一般的に使用される逆転写酵素であり、それでもなおPEの効率を阻害する可能性のあるいくつかの制限が存在します。この問題に対処するために、NTU-SingaporeチームはPFV RTをMMLVの実行可能な代替手段として識別・開発しました。私たちは、各種の内在性および治療サイトで、そして私たちのチームがカスタム設計したTLRレポーターシステム内で、PFV RTを含むプライムエディタの性能を厳密に評価しました。標準的な細胞株を超えて、H9およびACS1030幹細胞系での成功したトランスフェクションが達成されました。さらに、プライムエディタを細菌や酵母などの代替ホストで発現させる試みも行われ、その潜在的な応用範囲を拡大しました。

reference:

• iGEM NTU-Singapore Team Information
• iGEM NTU-Singapore Wiki