IIT-Madras #

Synthopedia #

The absence of many genetic and regulatory libraries in unconventional chassis makes building genetic circuits and assemblies extremely difficult. There is an emerging need to explore new chassis which may be naturally adapted to unique traits or metabolic pathways. Lactococcus lactis (L. lactis) is one such ‘Generally Regarded As Safe’ (GRAS) organism that produces a range of products. Since the ability to fine-tune gene expression forms a cornerstone for the design and operation of genetic circuits, our project intends to construct and test a library of synthetic 5’ Untranslated Regions (UTR) containing Ribosome binding sites (RBS) in L. lactis. Creating a well-characterized library of RBS sequences would enable the rational engineering of this bacterium towards increased yield of products. We have also built Synthopedia, a user-friendly web tool based on a machine-learning model that features tools for RBS Rate Prediction and Optimization.

従来型のシャーシには多くの遺伝的及び調節ライブラリが欠如しており、遺伝子回路やアセンブリの構築が極めて困難です。独特の特性や代謝経路に自然に適応している新たなシャーシを探索する需要が増えてきています。ラクトコッカス・ラクティス（L. lactic）は、「一般に安全と認識されている」（GRAS）生物の一つであり、様々な製品を生産します。遺伝子発現の微調整能力は遺伝子回路の設計と運用の基石となるため、我々のプロジェクトは、L. lacticにおける合成5’非翻訳領域(UTR)を含むリボソーム結合部位 (RBS) のライブラリを構築し、テストすることを目指しています。RBS配列のうまく特性化されたライブラリを作成することで、この細菌の製品の増収への合理的なエンジニアリングを可能にします。また、我々はRBSレート予測と最適化のツールを備えた機械学習モデルに基づいたユーザーフレンドリーなウェブツール、Synthopediaも構築しました。

reference:

• iGEM IIT-Madras Team Information
• iGEM IIT-Madras Wiki