Bangkok-NMH #

Personalized Neoantigen Prediction Algorithm for DC Vaccine Cancer Treatment #

Our collaborative project with Chulalongkorn University Hospital addresses the challenge of identifying DNA sequences for T-cells and neoantigens in dendritic cell (DC) vaccine development. Our workflow, guided by Sprint Planning, encompasses patient sample analysis, sequence alignment, HLA typing, and variant calling for tumor-specific peptides. Our product consists of using FastAPI, Mongo Atlas, and React through Amazon Web Service (AWS) deployment. Despite initial hardware and web application development challenges, such problems were ultimately resolved through AWS EC2 integration. We have reached a pivotal stage, having downloaded an example file from the NextNEOpi website to understand overall program functionality. Although not deployable for patient use yet, our focus is on refining the software for real patient applications, aligning with our goal to create a comprehensive system. This initiative aims to contribute to a more efficient cancer treatment landscape by combining bioinformatics and software engineering expertise.

私たちのプロジェクトは、チュラーロンコン大学病院との共同で、樹状細胞（DC）ワクチン開発におけるT細胞とネオアンチゲンのDNA配列の特定に挑戦しています。私たちのワークフローは、Sprint Planningによって案内され、患者のサンプル解析、配列アライメント、HLAタイピング、および腫瘍特異的ペプチドの変異コールを含んでいます。当社の製品は、Amazon Web Service（AWS）のデプロイを通じてFastAPI、Mongo Atlas、Reactを使用するものです。初期のハードウェアやウェブアプリケーション開発に関する課題がありましたが、これらの問題は最終的にAWS EC2の統合を通じて解決されました。NextNEOpiウェブサイトから例示ファイルをダウンロードして全体的なプログラム機能を理解するという重要な段階に到達しました。まだ患者使用のためにデプロイすることはできませんが、私たちの焦点はソフトウェアを実際の患者応用の改善に向けて、我々の目標である包括的なシステムを作成することと一致しています。このイニシアチブは、バイオインフォマティクスとソフトウェアエンジニアリングの専門知識を組み合わせることで、より効率的ながん治療の風景に貢献することを目指しています。

reference:

• iGEM Bangkok-NMH Team Information
• iGEM Bangkok-NMH Wiki