Lethbridge #

Engineering a Direct Detection Assay for Clubroot Pathogen in Canola Soil and Roots #

Clubroot, caused by the pathogenic soil-borne protist Plasmodiophora brassicae, poses a significant threat to Brassicae crops worldwide. Characterized by the development of abnormal growths or galls on plant roots, clubroot poses a serious risk to our local economy by depriving nutrients and inducing plant death in canola, our most profitable crop in Alberta. Currently, farmers outsource detection to off-site laboratories which utilize PCR amplification, a process that is costly and time-consuming. Instead, we are developing a rapid and direct ELISA testing system that utilizes rationally designed, model-based chimeric proteins fused with fluorescent probes (eGFP) that bind to P. brassicae-specific protein targets, Pro1 and PbEL04. We ultimately aim to develop a user-friendly rapid detection system, which can accurately confirm Clubroot within hours, indicating the presence of P. brassicae. Implementing our detection system would provide farmers with a rapid and affordable detection method, enabling quicker execution of clubroot mitigation strategies.

クラブルートは、土壌生物の病原性プロチスト、Plasmodiophora brassicaeによって引き起こされ、世界中のアブラナ科作物に大きな脅威をもたらしています。この病気は植物の根に異常な肥大（ガール）を引き起こし、地元の経済にとって大きなリスクとなるアルバータ州で最も利益率が高い産物であるキャノラに栄養を奪い、植物死を引き起こします。現在、農家はPCR増幅を利用するオフサイトの実験室に検出を委託していますが、これは費用がかかり時間もかかる作業です。その代わりに、我々は合理的な設計に基づくモデルのキメラタンパク質を融合した迅速で直接的なELISA検出システム（フルオレセントプローブ（eGFP）を用いてP. brassicae特異的タンパク質標的、Pro1とPbEL04に結合する）を開発しています。最終的には、数時間以内にクラブルートの存在を正確に確認することができるユーザーフレンドリーな迅速検出システムを開発することを目指しています。我々の検出システムを導入することで、農家は迅速かつ手頃な価格の検出方法を提供し、クラブルート軽減策の迅速な実行を可能にすることができます。

reference:

• iGEM Lethbridge Team Information
• iGEM Lethbridge Wiki